Nato a Berlino, Kolja Blacher a soli 15 anni si è trasferito a New York per studiare alla Juilliard School e seguire i corsi di Dorothy DeLay. Dopo essersi perfezionato con Sándor Végh a Salisburgo, ha iniziato una brillante carriera solistica. Dal 1999 al 2009 è stato professore di violino e di musica da camera al Conservatorio di Amburgo, per insegnare poi  al Conservatorio Hanns Eisler di Berlino .   

Come solista ha collaborato con prestigiose orchestre tra cui i Berliner Philharmoniker, Gewandhausorchester di Lipsia, Oslo Philharmonic Orchestra, Münchner Philharmoniker, Filarmonica di San Pietroburgo, NDR Sinfonieorchester, Mahler Chamber Orchestra (MCO), Gürzenich Orchester Köln, Chamber Orchestra of Europe e con famosi direttori quali Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Alain Gilbert, Daniel Harding, Mariss Jansons, Vladimir Jurovsky, Dmitrij Kitajenko, Kent Nagano,  Jonathan Nott, Kirill Petrenko, Simone Young e Asher Fish.

Dopo il successo ottenuto nella duplice veste di solista e direttore d’orchestra con la Stuttgart Kammerorchester, l' Orchestra dell’Accademia Nazionale di Santa Cecilia di Roma, la  Hong Kong Philharmonic (Concerto per violino di Beethoven), la Kioi Sinfonietta a Tokyo (Concerto per violino di Brahms) e la Melbourne Symphony Orchestra, Kolja Blacher ha scoperto una passione per suonare sia  come solista  che come direttore d’orchestra  e nelle prossime stagioni lo farà sempre più frequentemente.

La registrazione  delle Sonate di Shostakovich e Mieczyslaw Weinberg, insieme al pianista Jasha Nemtsov,  per l’etichetta Hänssler ha ricevuto il premio dei critici discografici tedeschi. L' incisione dei Concerti per violino di Berg e Stravinsky con la Mahler Chamber Orchestra diretta da Claudio Abbado è stata premiata nel maggio 2006 con il Diapason d’Or e il Deutsche Schallplattenkritik Vierteljahrespreis.  Secondo la rivista tedesca Fono Forum: “Questa registrazione dal vivo lo conferma ancora una volta violinista di livello mondiale. L’interpretazione della partitura di Berg è caratterizzata dalla purezza della linea melodica, dalle tonalità romantiche continuamente sfumate. Il “tranquillo” che chiude l’opera è ammaliante. Il Concerto per Violino di Stravinsly brilla di potente ed essenziale vitalità”.

Le precedenti registrazioni, tra cui il Concerto per Violino di Boris Blacher e la Kammermusik n. 4 di Hindemith come pure le Sonate per violino di Schumann, Bartók e Holliger (insieme al pianista Bruno Canino), hanno ricevuto critiche entusiaste e riconoscimenti dalla stampa specializzata. Durante la stagione 2010/2011 è stato pubblicato un nuovo CD con la MCO diretta da Claudio Abbado e contenente i Concerti di Weill e Hindemith.

Gli highlights della stagione 2010/11 sono i concerti con la Lucerne Festival Orchestra, la DSO di Berlin,  l’ orchestra da camera di Stoccarda, l’ orchestra sinfonica di Amburgo e la New Japan Philarmonic Orchestra. Prosegue intensa anche l’attività cameristica con concerti con Clemens Hagen e Kirill Gerstein e con Vassily Lobanov.

Kolja Blacher suona lo Stradivari  "Tritton" del 1730, acquistato  dalla Signora Kimiko Powers e messo a disposizione dell'artista.